Buenas,

las diferencias fundamentales ya se han comentado, sobre todo en cuanto a escala y gestión de la logística.
Si quieres tener una idea de por donde irían los tiros con el Wacht am Rhein, en su día hice un par de AARs de los dos escenarios pequeños de introducción.

http://labsk.net/index.php?topic=92605.0
http://labsk.net/index.php?topic=95395.0

Yo reconozco que me he hecho fan de la serie, y que a pesar de lo complejo que puede parecer el reglamento, una vez tienes la secuencia de turno clara, todo va muy fluido.
Realmente con el Atlantic Wall, el reglamento ha visto cierto incremento en la complejidad al incorporar la parte de operaciones anfibias y aerotransportadas, además de introducir operaciones en un mapa estratégico y refinar las reglas de apoyo artillero y de logística, pero es muy disfrutable.

En cuanto a escenarios, el WaR tiene varios que te permiten jugar diversas fases de la campaña con diferentes fechas de inicio, que si no puedes montar todo el mostrenco, también dan mucho juego.