Se que hay un par de programas que usa la gente pero nunca los he probado, te paso los enlaces y a lo mejor un día me puedes enseñar tu a usarlos 

MapVew
http://www.motcreations.com/mv_overview.html

ABattleMap
http://www.flames-of-europe.de/modules.php?name=Downloads&d_op=viewdownload&cid=2

1.- En un combate naval con submarinos, una vez que completamos todas las fases el atacante decide seguir atacando, ¿los submarinos siguen teniendo el privilegio del fuego inicial?.

Los submarinos tienen fuego inicial o preliminar en todas las rondas que dure el combate.


2.- Supongamos que ataco un determinado territorio con fuerzas aereas y éste territorio tiene artilleria antiaerea, resuelvo todas las fases del combate y decido seguir atacando, según las instrucciones los antiaereos vuelven al tablero de juego y no pueden volver a hacer fuego inicial, ¿esto es así?.

Así es, los antiaereos actuan solo en la fase de fuego preliminar de la primera ronda del combate. Si hay más rondas no actuan.

Inkognito



Eyes Wide Shut










Carcassonne





Shrek

Lo del combustible puedes hacer que por cada territorio con combustible, puedas mover X unidades (que no sean infantería o artillería) cada turno. Así de simple. Lo de la munición mejor déjalo... Y las batallas seguro que encuentras un sistema mejor sin necesidad de tablerillo a parte... así todo se juega sobre el mapa estrátegico y es más ágil. No se, son ideas por intentar ayudar 

P.D. Otra idea! Cada unidad que muevas y que no esté en conexion directa con territorios que tengan combustible, porque está aislada de la red de territorios o lo que sea... consume combustible como si movieras 2 unidades en lugar de 1. Por ejemplo, si cada yacimiento de petroleo te permite mover 20 unidades por turno y solo dispones de un yacimiento... mover 10 unidades (no infanteria ni artilleria) en un territorio que no está conectado con otro que tenga combustible, te gastaría todo el suministro de ese turno. Con eso fuerzas al jugador a que intente mover menos a las unidades más aisladas y a tomar territorios que ayuden a cohesionar una red de suministros.

Esto ya es otra cosa, ahora si que podemos hacernos una idea 

Es muy parecido al axis and allies pero con los combates entre territorios más elaborados a nivel táctico ¿no? El problema es que una partida en un mapa del mundo con tantos combates tácticos puede ser muy muy larga... Pero tiene muy buena pinta 

Yo estoy haciendo cartas también de un juego de la 2ª Guerra Mundial (Axis and Alllies) y las hago con Photoshop, creo que es el mejor programa, aunque es bastante profesional:

No, no corresponde al Civilization V. Es una adaptaci?n del civilization a consolas.

Por cierto el Civilization 4 con las expansiones Warlords y Beyond the Sword es el mejor juego de estrategia para ordenador. Increiblemente profundo y adictivo.

Yo también he pensado en "Erase una vez la vida" 

Infórmate un poco sobre el sistema inmunitario y los distintos tipos de celulas. Por ejemplo:


- Un virus no puede reproducirse por si solo, necesita una celula huesped del propio cuerpo.

- Los antibioticos son muy eficaces contra las bacterias, pero tambien dañan a nuestras propias celulas. No suelen discriminar entre "amigos" y "enemigos". Los virus al no ser exactamente seres vivos, no se ven afectados.

- Hay distintos tipos de células defensivas, algunas fagocitan literalmente a los cuerpos extraños, pero pueden acabar siendo dañados e incluso usados como "huesped" de un virus, que introducirá su ARN y utilizará su sistema de replicación para generar más virus.

- Hay linfocitos encargados de detectar agentes extraños, los capturan e identifican y muestran esa identificacion a otros linfocitos encargados de fábricar anticuerpos. Los anticuerpos son la mejor defensa natural contra un "modelo concreto" de virus o bacteria, pero son ineficaces contra especies distintas.

- Los virus o bacterias tienen capacidad de mutar de vez en cuando, para hacerse resistentes a los anticuerpos. Eso fuerza a los linfocitos a generar nuevos anticuerpos para la nueva cepa de virus.

- Las vacunas también pueden forzar la creación de anticuerpos, para tenerlos preparados en caso de que se produzca un ataque de ese microbio concreto.

- Algunos linfocitos llevan agentes tóxicos, para matar a nuestras propias celulas cuando detectan que están siendo utilizadas como "huespedes". Así frenan la reproducción de los virus.


La verdad es que es curioso como la realidad a veces supera a la ficción... Esto da perfectamente para un juego y muy bueno.