Efectivamente. La bomba se mantiene. Tómate la ficha de la bomba como un campo de minas. Si llega otra unidad muere, y debe ir el zapador a "limpiar la zona".
De hecho por eso es importante mantener zapadores siempre a salvo. Si la bandera estuviera cubierta de bombas y te quedas sin zapadores no tendrás forma de capturarla.