Quizá sea de cerrar la caja presionando más fuerte de lo necesario (y no tiene por qué tratarse necesariamente de una presión particularmente fuerte). El aire hace presión hacia fuera y da de sí el cartón. ¿Puede ser?
Lo dudo mucho. El desplazamiento causado por el empuje es muy pequeño y por tanto el cociente de volumen inicial respecto al volumen final de aire es prácticamente uno, lo que implica que la presión interior será la misma que la exterior, es decir, la atmosférica.En cambio, es más probable que se abombe simplemente por apretar y el cartón vaya cediendo. Es un tema de pesos y de humedad, no de presiones debido a gases.
Yo me inclino por diferencia de temperatura. Dilatación y contracción térmica. Si la estantería esta colocada al lado de un sitio frío y húmedo, por ejemplo una ventana. O un sitio caluroso, por ejemplo un radiador o la calefacción central. O un sitio donde se condense la humedad. Luego simplemente porque las cajas son una basura, yo he visto combarse algunas solo por mirarlas.