Hola Wever, para empezar a saborear el tema de cómo funcionaba la época te recomiendo el juego de GMT, Here I Stand. Lleva el Papado y en una segunda partida lleva los Protestantes.
Respecto a cómo iba la relación Universidad-Religión, buf!!! es realmente complejo, pero se podría resumir en Latín = Lengua vehicular europea, Conocimiento de Latín = Intercambio de Conocimiento, Control de dónde se aprende Latín = Control de quién Aprende, Dónde se Aprende Latín = en Universidad Barcelona/Cervera, Dónde hay posibilidad de Conocimiendo = Universidad Barcelona , Control de Publicaciones = Control de Conocimiento, Obligatorio Traducción de Publicaciones al Castellano = Control de Conocimiento, Control y Traducción obligatoria y Censura = Control de Expansión del Erasmismo, Control de Publicaciones = Control de corrientes religiosas,....