Yo he jugado muchas partidas con límites a las alianzas y sin límites.
Y, aunque reconozco que muchas veces las alianzas descompensan el juego, sucede que a veces y a consecuencia de ponerles limitaciones, las partidas se alargan demasiado o entran en ciclos de ataque-recuperación-ataque-recuperación que se pueden hacer un poco aburridos.
Las últimas partidas que he jugado en mi grupo (sin usar las expansiones y usando los poderes adicionales de los personajes) las hemos jugado sin ningún límite a las alianzas. Creo que son los propios jugadores los que deben procurar que las alianzas estén compensadas y tengan sentido. Claro que se pueden dar casos de cuatro jugadores que se alían contra otros dos (yo lo he visto, y sufrido), pero desde mi punto de vista es culpa tanto de esos cuatro jugadores que se unen para avasallar como de los otros dos que no han conseguido meterse en ninguna alianza provechosa. Una victoria de una alianza de cuatro jugadores... sí, es una victoria, pero poco mérito tiene.
He probado varios sistemas para limitar las alianzas: aumentar el número de ciudadelas necesarias según el número de integrantes de la alianza, limitar las alianzas por número... y ninguno me ha convencido, por artificial.