Yo tenía el Agricola y la expansión de homoludicus y los dorsos de las cartas (adquisiciones) eran distintos. En la edición orginal en inglés también debía ser así. En ese sentido no tienes que preocuparte, no pasa nada a efectos de juego. Si no recuerdo mal, las reglas de la expansión y uwe recomendaban directamente no jugar con oficios, solo adquisiciones menores: o bien solo de las nuevas o bien repartir mitad adquisiciones del básico mitad adquisiciones de la exp. Pero puedes jugar también con oficios (la expansión no añade oficios).
Las adquisiciones mayores nuevas se ponen debajo de las del básico en el tablero y las nuevas cartas de acciones especiales no se mezclan con nada.
Vamos, que por los dorsos da igual, no hay problema. El único problema que vas a tener es que gráficamente se note un poco la diferencia en las cartas (en la nueva le hicieron un poquito de lavado de cara). No sé si habrá alguna cosa o combo que interaccione mal con los reajustes de cartas de la edición de 2016, tampoco creo que mucho problema... y ya había cosas y combos rotos antiguamente. Vamos, resumiendo, que en cuanto a jugabilidad no vas a tener problema por mezclar las ediciones, siempre que no te importe que cante ligeramente el aspecto gráfico y si te dan igual los "cambios y reajustes" de Uwe para las cartas de la exp versión 2016 (que ni sé si cambió algo o la expansión la dejó tal cual la verdad, en la BGG habrá info)