Es verdad, hay una carta (Comunicaciones con la nave madre) que dice así:
"Lee en voz alta el texto indicado como 'Objetivo Secundario' en el Libro de Misiones".
Entra en contradicción con lo que dice el propio manual, que has de leer las partes en negrita del escenario. Pues como uno vea, igual has de leer en negrita y si sale esa carta leer el texto que aclara que hay que hacer exactamente o bien es que no se tenía que leer nada sobre la secundaria.
He buscado en la BGG y he encontrado un par de hilos al respecto:
https://boardgamegeek.com/thread/460417/when-anounce-socondary-missionhttps://boardgamegeek.com/thread/346864/space-crusade-and-expansions-some-rules-clarificatTL;DR: No se lee la misión secundaria hasta que no salga la carta de evento alien. Si la misión secundaria no se resuelve después de ser leída, los puntos se los lleva el jugador alien.
En cualquier caso, esta es la interpretación de alguien de la BGG que parece ser que ha jugado bastante, pero no deja de ser subjetiva aunque tiene sentido.