Yo en esos casos lo que suelo pasar,si el antivirus no es suficiente, es el malwarebytes, y la mayor parte de veces me ha solucionado el problema.
Si que hubo una vez que utilizando el malwarebytes no logré arreglarlo y me bajé todo tipo de programas que me recomendaban , pero no había manera...ahí seguían emergiendo las ventanas (que para eso se llaman emergentes). Hasta que en un foro me recomendaron "COMBOFIX", una aplicación gratuita para malware y ese tipo de cosas. Y funcionó a la perfección. Eso si, en el foro que consulté insistían en seguir todos los pasos que te indicaban cuidadosamente y al pie de la letra, porque al parecer hacerlo mal podía causar daños importantes al equipo.
Espero que te sea de ayuda.
Un saludete!!!