Yo, la verdad, leyendo lo que leo de ambos, me decantaría por el Battleship, y eso que soy un trekkie declarado y orgulloso de serlo.
¿motivos? El Battleship es un juego de combate táctico entre dos flotillas, fácilmente escalable (seguro que en el futuro saldrán más flotas y escenarios mayores), con reglas sencillas para un combate 2D. El Star Trek Fleet Captains es MUY caro y no me convence nada la mezcla de capitanes de diferentes épocas, y el mecanismo de ir descubriendo con tus naves las baldosas hasta que te encuentras con una nave enemiga y combates... no sé, parece una mezcla de juego de combate táctico y juego de exploración estelar, un hijo bastardo de ambos sistemas.