Memoir 44 es más sencillo (ATENCION: sencillo <> peor), y Battlelore y Ancients son más complejos de maneras distintas: Ancients tiene los líderes y parece (no he jugado) que es el más wargamero de todos, y Battlelore tiene las cartas de lore, que es algo así como meter un mazo de Magic en la partida.
Como un punto a favor de Battlelore yo mencionaría la rejugabilidad, porque viene de serie con un generador de escenarios, y además FFG acaba de sacar el scenario builder donde la gente ya está subiendo bastantes cosas (incluidos algunos del propio R. Borg):
http://tools.fantasyflightgames.com/battlelore/En cuanto a expansiones, parece que FFG tiene todas las intenciones de continuar la línea de BL, pero por el momento no hay nada, mientras que para los Memoir y Ancients hay toda una panoplia de expansiones para todos los gustos.
en general, cuando uno se acerca a la familia C&C se suele decidir por el tema que le haga más gracia: fantasía, napos, WW2, etc.