Yo tengo los 2, y sí la mecánica es la misma. Construcción de mazo conforme juegas. Eso sí, Dominion es el padre de dicha mecánica.
En mi opinión el Thunderstone da más sensaciones de aventura, más largo, y más tematizado. Pueden salir a veces partidas más aburridas o lentas.
El Dominion es más frío, numérico, pero creo que también un juego más redondo, con nada de azar.
De los dos tienes un montón de expansiones.
De todas maneras si le gusta el Thunderstone, no te lo pienses y regalale ese.