La mecánica es la misma (secciones, cartas para órdenes, etc) pero son juegos muy diferentes. En mi opinión no son incompatibles en absoluto y, en todo caso el C&C tiene más "chicha", sobre todo en modo épico.
De todas formas si a través del buscador seguro que encuentras un montón de hilos hablando de estos juegos y comparándolos.
Un saludo