Extrae los objetos como estén incrustados en el pdf. si todas las imagenes que tu ves son realmente 1 imagen solo te extrae una imagen. Tambien hay problemas con el CMYK
para cosas más avanzas siempre nos quedará GIMP o similares
suele ser un poco loteria pq me da que hay programas que hacen cosas muy raras en las imagenes de los pdfs. Recuerdo algun manual de juegos como el de On Mars que ni el photoshop es capaz de abrir el fichero con las imagenes.