A mi el año del dragon a 2 no me gusta ni la mitad que cuando juegan 4 o 5, pero vamos no es mal juego a 2.

El stone age me parece una opcion MUY interesante tambien si prefieres algo un pelin mas light.

Agrícola a dos es muy bueno, hay más interacción porque al final acabas controlando tambien la granaja del oponente. En reponer no se tarda tanto, uno repone recursos y otro animales y comida por ejemplo, y se va muy rápido.
Caylus a dos es más ajedrez, más sesuso que a tres, lo cual puede gustarte o no. A mí personalmente me gusta más a tres.

Por si te sirve de algo te diré que en mi grupo de juego (me encanta decir esto cuando hablas de tu pareja y tú mismo) lo que más ve mesa (por este orden) es:

Catán de cartas
Brass y Caylus
Agricola

De los demás no opino que no he jugado, pero de estos te comento brevemente:

Catán de cartas: sin tablero, muy interesante, exclusivo para dos, pero no soy un gran amante de los dados y en este juego al principio de cada turno se tiran dos dados que pueden dar y quitar mucho. Es controlable, ojo, pero azar existe. De duración menor que caylus y brass, pero no tanto como puede parecer inicialmente. El preferido de la jefa.

Brass: mi preferido y un juegazo, y eso que sólo lo he jugado a 2 y todo el mundo coincide que a 4 es una maravilla. Más complejo de aprender y quizás por eso un poco menos rejugable.

Caylus: otro juegazo que requiere concentración y predisposición. Para mi gusto al tablero le sobra una curva ya que superada la hora de juego empiezo a estar ligeramente saturado y la mecánica se me hace un poco repetitiva. La mecánica es de poner trabajadores y ejecutar acciones, "igual" que agricola.

Agricola: os parecerá una chorrada pero reponer las mercancías se me hace bastante pesado. Otra cosa que no me gusta es que creo que le faltan un par o tres rondas más, como mínimo a 2 jugadores, ya que te quedas con la sensación de empezar a hacer cosas justo cuando la partida termina.

Otra recomendación que te puedo dar es el San Juan. Hay mucha información de este juego y creo que a 2 funciona perfectamente.

Por último te comento que he jugado una única partida al Age of Empires 3 pero éramos 5 y no tenía pinta de funcionar muy bien a 2... pero prefiero que lo diga alguien que haya jugado a 2.

Espero que te sirva de algo.

Para el raíles yo he probado un par de mapas a 2 de los que hay en P&P y funcionan muy bien (si obvias la subasta y usas la norma del primero paga 5 para escoger).
El Brass me lo acabo de comprar y solo lo he probado una vez a 2 y también me gusto.
Ya sé que no ayudo mucho pero...

[Me los puedes regalar]

El Age of Empire 3 no es para 2 jugadores (es un juego principalmente de mayorias) lo óptimo son 4-5 jugadores (y a 6 con la expansion, que son solo figuritas, tiene que ser super agobiante)