No si esto es exactamente lo que necesitas pero... Si lo que quieres es pegar los hexagonos encima de la imagen, es sencillo. En el Gimp, abre la imagen por un lado y los hexagonos por otra. En la imagen aniade una nueva capa (la ventana de "capas" > boton secundario aniadir capa). Despues abres los hexagonos, haces un Ctrl-a para seleccionar todo, un Ctrl-c para copiar y te vas de nuevo a la imagen. Selecciona la nueva capa y pegas los hexagonos. Y ya esta. si los hexagonos no tienen el fondo transparente, puedes modificar como se fusionan las capas en la ventana de "Capas".