Tal como lo cuentas, magmako, es un asunto de contexto. La frase que remarcas parece un error si no señalas la inmediatamente anterior:
"En ese momento (al finalizar la partida), los jugadores desvelan las pistas ocultas que hayan obtenido y las colocan junto a sus tipos correspondientes. Si un jugador tiene algún comodín sin asociar a ningún tipo de pista, puede asociarlo a uno en este momento".
Esto quiere decir que los comodines que dejaste sin asociar a ningún tipo de pista en el momento de obtenerlos, pueden asociarse ahora con las pistas ocultas si es que tienes alguna.
Si tras esto algún comodín te queda sin asociar a un tipo de pista, es cuando restas los 3 puntos.
Un ejemplo: Imagina que tienes pillas un comodín cuando tienes pistas de valor 8, 4, 5 y 3 y decides no asignarlo a ninguno porque crees que tienes las mayorías claras. Así que lo dejas suelto. Pasan los turnos y sigues obteniendo pistas de forma visible y oculta pero ninguna es de un tipo diferente (todas son 8, 4, 5 y 3s), así que te empiezas a preocupar porque ese comodín se te puede quedar sin asignar. En el último turno, pensando en esos 3 puntos de penalización, decides utilizar todo tu esfuerzo investigador (al fin y al cabo las fichas de investigación no sirven para nada) y usas 7 lupas con Irene Adler para que le robe una pista 7 al rival que añades a tus pistas ocultas. ¡Bufff! A la hora de asignar las pistas ocultas ya puedes asignar ese 7 sobre el comodín. Probablemente no le hayas quitado la mayoría de 7 al rival pero ahora puntuará 5 y no 7 por ese tipo de pista y al menos no pierdes 3 puntos por quedarte con el comodín sin asignar.