Así a bote pronto creo que si no te quieres alejar mucho de la realidad histórica, tu problema sobre cómo hacer que las Polis en guerra vuelvan a estar en época de paz sin que sea de una forma artificial pues se puede solucionar de una forma muy fácil. Cada cuatro años se celebraban los juegos Olímpicos y se declaraba entre las polis la llamada "Tregua Sagrada" cesando todo combate y este duraba tres meses, para que los atletas pudieran desplazarse sin riesgo desde todos los rincones del mundo griego a Olimpia. Entonces cada cuatro turnos hay paz.
Sobre el nombre del juego Hellas estaría bien pero ya hay un juego que se llama así.No obstante veo que te gusta Polis, aunque polis a secas se queda algo breve. También veo que te gusta la idea de civilización , pues Eureka , ponle al juego el nombre de civilización que en griego antiguo era "Politismos" , y no suena mal
Puedes utilizar un sistema de puntos de "escalada bélica", que iran aumentando según las acciones de los jugadores. Llegado a un nivel, comienza el conflicto.