No se que impresora tienes pero las Epson, por ejemplo, en las preferencias de impresion, pestaña "Diseño de pagina", tienen una opcion llamada Multipagina, con la que puedes imprimir 2 ó 4 paginas por hoja. No necesitas ningun programa adicional. Mira a ver si tu impresora tiene esa opcion.
Es precisamente una epson y al utilizar esa opción ocurre lo mismo que desde dentro del acrobat al utilizar la opción de múltiples páginas por hoja. Al imprimir a doble cara (eligiendo imprimir pares o impares), tienes el mismo problema, te coloca en una hoja la página 1-3 y en la otra 2-4, en lugar de 1-2 y 3-4.
Ya he comentado que para doblarlo lo bueno sería imprimir la página 2 y 3 en una cara, y la 4 y 1 (en ese orden) en la otra. Así podrías confeccionar un libro.